Il est utilisé dans la détection des ions nitrites dans les échantillons d'urine. Le molybdate de strontium a une faible émission d'énergie, qui peut être détectée par spectrométrie de fluorescence. Ce composé est également utilisé comme catalyseur pour la production d'oxyde nitrique et dans la production d'éthylène diamine (utilisée dans la fabrication du nylon). Le molybdate de strontium peut être utilisé dans le cadre d'une cellule d'échantillon pour déterminer la taille des particules.